Peter Parker a réussi à trouver un équilibre entre ses obligations de super-héros et sa relation avec Mary Jane. Mais lorsqu'une mystérieuse substance contamine son costume, sa vie bascule. Cette transformation lui confère une force et une agilité accrues mais laisse également ressortir les aspects les plus sombres de sa personnalité, comme sa soif de vengeance. Sous l'influence de ce nouveau costume noir, il devient trop sûr de lui et commence à négliger ses proches. Au même moment, Flint Marko, impliqué dans la mort de son oncle, s'évade de prison. Quant à Harry Osborn, il n'a qu'une seule obsession : venger la mort de son père...